Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2006-cı il 28 sentyabr tarixli sərəncamı ilə təsdiq olunmuş "Azərbaycanda ekoloji vəziyyətin yaxşılaşdırılmasına dair 2006-2010-cu illər üçün kompleks tədbirlər planı" da qarşıya qoyulan məsələlər "Ekol Mühəndislik Xidmətləri" QSC-nin fəaliyyətinin əsasını təşkil edir və bu istiqamətdə təxirəsalınmaz tədbirlər həyata keçirilir.
       Bu baxımdan QSC-nin NEZ-da istehsalat prosesləri zamanı formalaşan tullantıların təmizlənməsi və zərərsizləşdirilməsi nəticəsində Xəzər dənizinə, eləcə də, ətraf mühitə atılan zərərli maddələrin miqdarının xeyli dərəcədə azaldılması sahəsində gördüyü işlər xüsusi əhəmiyyət kəsb edir.
       QSC-nin əsas "Sifarişçi"ləri olan Heydər Əliyev adına BNEZ-nun və "Azərneftyağ" NEZ-nın istehsalat sahələrinin yaşayış məntəqələrinə yaxın və əhalinin sıx yaşadığı ərazilərdə yerləşməsi bu zavodlardan atılan tullantıların təmizlənməsinə və zərərsizləşdirilməsinə xüsusi yanaşma metodları və yeni texnologiyaların tətbiqi zəruriyyətini doğurur.
       Bu məqsədlə QSC-nin istehsalat sahələrində olan mövcud mexaniki təmizləyici qurğular təmir və rekonstruksiya olunmuş yeni ən müasir qurğular alınıb quraşdırılmışdır.
       2006-cı ildən başlayaraq orta hesabla bir ildə Heydər Əliyev adına BNEZ-dan atılan 12.5 milyon m³, "Azərneftyağ" NEZ-dan isə atılan 10.9 milyon m³ sənaye çirkab suları norma həddinə qədər təmizlənmiş, hər iki zavodun istehsalat sahələrində uzun illər yığılıb qalmış 35.5 min ton, "Bibiheybət" sahəsində isə 6.2 min ton neftşlam emal edilərək zərərsizləşdirilmişdir ki, bu da ətraf mühitə atılan zərərli maddələrin miqdarını xeyli dərəcədə azaltmışdır.
       "Bibiheybətneft" NQÇİ-nin mədən ərazisində aparılan torpaqların rekultivasiyası və "Salyan OİL" LTD-nin mədən ərazisində qazma şlamının rekultivasiyası işləri də QSC-nin son ildə ekoloji vəziyyətin yaxşılaşdırılması sahəsində həyata keçirdiyi mühüm tədbirlərdəndir.
       Bununla yanaşı QSC "İcraçı" qismində bir çox "Sifarişçi" təşkilatların istehsalat sahələrində ekoloji monitorinq işləri apararaq ekoloji təmiz istehsalatın təşkilinə dair öz təkliflərini vermiş, bu təşkilatların ərazilərində olan tullantıların ( çirkab suların, neftşlamın, lay suyunun və s.) daşınıb təmizlənməsi işlərini yerinə yetirir.
       Azərbaycanda, xüsusilə neft sənayesi sahəsində ekoloji vəziyyətin yaxşılaşdırılması "Ekol Mühəndislik Xidmətləri" QSC-nin fəaliyyətinin əsas istiqaməti olmaqla bu sahədə işlər davam etdirilir.